La complejidad de los datos biomédicos requiere motores de búsqueda sofisticados que estén especialmente diseñados para proporcionar resultados que se ajusten a los términos de búsqueda. Además, hay un interés creciente por herramientas que se integren de forma sencilla y que sean capaces de construir bases de conocimiento biológico y de analizar datos experimentales. En este contexto, acaba nacer un buscador online de información sobre toxicidad de compuestos químicos.
LimTox es una herramienta desarrollada en el Centro Nacional de Investigaciones Científicas (CNIO) y publicada en la revista Nucleic Acids Research (NAR) que permite la recuperación y clasificación de elementos químicos y biológicos de interés, las interacciones entre ellos, la visualización de las estructuras químicas de los compuestos detectados de forma automática en los textos y la generación de redes de relación entre ellos.
La obtención de información biológica y química relevante que aparece tanto en la literatura científica como en los informes de las agencias regulatorias, es crucial para el conocimiento científico y la toma de decisiones en áreas como la química-biología, desarrollo de fármacos, toxicología y farmacogenética.
En este sentido, el sistema se centra en las reacciones adversas y la toxicidad de los compuestos químicos, con especial atención en el daño hepático, incluyendo la alteración de la función hepática y la hepatocarcinogénesis. También permite el acceso sistemático a información relevante sobre otros efectos secundarios (nefrotoxicidad, cardiotoxicidad…), alteraciones de parámetros bioquímicos relacionados con la función del hígado y de enzimas clave del metabolismo de los fármacos.
La herramienta online proporciona conocimiento estructurado extraído a partir de los abstracts y artículos de la biblioteca biomédica PubMed, los informes de la Agencia Europea del Medicamento (EMA, por sus siglas en inglés) y los informes de solicitud de nuevos fármacos de la Agencia Estadounidense de Alimentos y Medicamentos (FDA). Así, el servidor pretende ayudar a que los investigadores y clínicos encuentren de forma rápida reaccionesadversas a través de búsquedas por palabras clave o de consultas concretas sobre compuestos químicos o genes. La herramienta es gratuita y ya está disponible.
LimTox es una herramienta desarrollada en el Centro Nacional de Investigaciones Científicas (CNIO) y publicada en la revista Nucleic Acids Research (NAR) que permite la recuperación y clasificación de elementos químicos y biológicos de interés, las interacciones entre ellos, la visualización de las estructuras químicas de los compuestos detectados de forma automática en los textos y la generación de redes de relación entre ellos.
"En el trabajo en minería de los compuestos químicos, aún hay mucho por hacer"
El trabajo en minería de datos asociados a genes ha avanzado considerablemente, pero en el caso de los compuestos químicos, “aún hay mucho por hacer”, explica Martin Krallinger, jefe de la Unidad de Minería de Textos en Biología del CNIO y responsable del artículo. “LimTox supone una aportación importante en este campo”.La obtención de información biológica y química relevante que aparece tanto en la literatura científica como en los informes de las agencias regulatorias, es crucial para el conocimiento científico y la toma de decisiones en áreas como la química-biología, desarrollo de fármacos, toxicología y farmacogenética.
En este sentido, el sistema se centra en las reacciones adversas y la toxicidad de los compuestos químicos, con especial atención en el daño hepático, incluyendo la alteración de la función hepática y la hepatocarcinogénesis. También permite el acceso sistemático a información relevante sobre otros efectos secundarios (nefrotoxicidad, cardiotoxicidad…), alteraciones de parámetros bioquímicos relacionados con la función del hígado y de enzimas clave del metabolismo de los fármacos.
La herramienta online proporciona conocimiento estructurado extraído a partir de los abstracts y artículos de la biblioteca biomédica PubMed, los informes de la Agencia Europea del Medicamento (EMA, por sus siglas en inglés) y los informes de solicitud de nuevos fármacos de la Agencia Estadounidense de Alimentos y Medicamentos (FDA). Así, el servidor pretende ayudar a que los investigadores y clínicos encuentren de forma rápida reaccionesadversas a través de búsquedas por palabras clave o de consultas concretas sobre compuestos químicos o genes. La herramienta es gratuita y ya está disponible.