La continúa propagación del SARS-CoV-2 en todo el planeta ha posibilitado que el virus experimente ciertas mutaciones que han acabado derivando en diversas variantes de este. En función de las características con las que cuente cada una de estas variantes podrá o no extenderse con mayor facilidad invadiendo el espacio ocupado por otras hasta erigirse como dominante.
Las variantes de mayor impacto para la salud pública (VOC) son aquellas más transmisibles, más virulentas o que pueden escapar, total o parcialmente, al efecto de los anticuerpos adquiridos tras infección natural o vacunación con variantes previas.
Actualmente, se considera que las VOC son cuatro: Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India), Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido), Beta (B.1.351, detectada originalmente en Sudáfrica) y Gamma (P.1, detectada originalmente en Brasil). Las mutaciones más relevantes son L452R (presente en Delta), N501Y (presente en Alfa, Beta y Gamma) y E484K (presente en Beta y Gamma).
Ante esta crisis sanitaria que ha golpeado a todo el mundo, a lo largo de estos meses, han ido surgiendo métodos de diagnóstico y de prevención como CovidPhy.
Se trata de una plataforma de análisis que facilita a los investigadores y unidades hospitalarias producir secuencias de coronavirus de pacientes con el virus, poder alinearlas con el genoma de referencia del SARS-CoV-2, así como conocer las mutaciones genéticas que existen en esos genomas.
La herramienta permite el análisis filegeográfico de la variabilidad genética del SARS-CoV-2 que permite diferentes tipos de análisis
Así la definen sus creadores, los profesores de la Universidad de Santiago de Compostela (USC) Antonio Salas y Federico Martinón y su grupo de investigación.
La herramienta, además, permite el análisis filegeográfico de la variabilidad genética del SARS-CoV-2 que permite diferentes tipos de análisis. Una vez alineada, esta herramienta bioinformática clasifica automáticamente las secuencias en variantes de virus conocidas, incluida la clasificación popular de variantes alfa, beta, gamma o delta.
“Es una herramienta que surge del esfuerzo que venimos haciendo desde el inicio de la pandemia en nuestro grupo de investigación para ayudar a comprender la variabilidad y dinámica del virus en todo el mundo, y más específicamente, a nivel estatal”, dice Salas, también investigador del Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela, en el que participa la USC.
CovidPhy también permite explorar la distribución geoespacial de variantes de virus en el mundo, así como conocer qué genomas han tenido el mayor impacto en los brotes que han surgido.
En este sentido, Salas afirma que “desde el comienzo mismo de la pandemia nos dimos cuenta de que el verdadero catalizador eran los eventos de supercontaminación y hoy ya existe evidencia bien establecida en la literatura científica. La novedad es que CovidPhy recopila los eventos más importantes y proporciona información sobre sus características.
DESAFÍO INFORMÁTICO
Una de las características más interesantes de CovidPhy es la capacidad de buscar mutaciones o conjuntos de mutaciones (técnicamente llamados haplotipos) en una gran base de datos del genoma de más de un 1,4 millones de virus secuenciados. "Este fue un gran desafío computacional, porque se trata de que el usuario pueda hacer estas búsquedas y obtener resultados en cuestión de segundos, no de minutos", dice Salas.
CovidPhy fue diseñado para poder escalar a otras necesidades que puedan surgir en relación con los laboratorios de análisis de hospitales. Así, Salas indica que "lo más difícil ya está hecho, desde el código de programación subyacente a CovidPhy podríamos adaptarnos fácilmente al entorno cambiante al que estamos acostumbrados a este virus, e incluso podríamos adaptarnos a otros patógenos".