El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización sobre la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en España. De acuerdo con este la variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) y sus linajes (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 y BA.5) continúan siendo los dominantes.
BA.1 fue el linaje mayoritario durante la primera fase de expansión y, por tanto, las características descritas para la variante se corresponden con las de este linaje. BA.2, que presenta numerosas diferencias respecto a BA.1, fue aumentando hasta convertirse en el linaje predominante a nivel global desde marzo hasta junio de 2022. Posteriormente, los linajes BA.2.12.1, BA.4 y BA.5, que mostraban una ventaja de crecimiento sobre BA.2, fueron aumentando progresivamente su prevalencia a nivel global.
Las mutaciones presentes en estos linajes suponen un importante cambio antigénico (particularmente frente a BA.1) lo cual les otorga un mayor escape inmune. Hasta el momento no se han observado diferencias en la gravedad de los casos para ninguno de ellos. Con un mayor ritmo de crecimiento, BA.5 se impuso finalmente como linaje dominante desde el mes de julio hasta la actualidad. En España, este reemplazo de BA.2 por BA.5 se produjo a mediados del mes de junio coincidiendo con un aumento en la incidencia.
Desde la semana 19 a la 34 de 2022 (9 de mayo de 2022 a 28 de agosto de 2022) un promedio de 1.260 casos semanales cuentan con información derivada de la secuenciación
Por otro lado, el linaje BA.2.75, ha centrado también la atención en las últimas semanas debido al alto número de mutaciones que presenta y a un ritmo de crecimiento ligeramente superior en comparación con BA.5 en varios de los países en los que ha sido detectado como Japón, Singapur, Estados Unidos o India, particularmente en este último, donde es en estos momentos el linaje dominante (a pesar de lo cual no se ha registrado un aumento en la incidencia en dicho país).
Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 34 de 2022 (22 a 28 de agosto) el porcentaje de Ómicron se sitúa en 100%. Los linajes predominantes son BA.5 y los derivados de BA.5. Los cribados aleatorios mediante PCR específica para los linajes BA.4 y BA.5 han detectado en la semana 36 de 2022 (5 a 11 de septiembre) porcentajes que oscilan en las diferentes comunidades autónomas entre el 87,5 y el 100%. Esta misma semana, para el linaje BA.2, se encuentra entre el cero y el 12,5%.
Desde la semana 19 a la 34 de 2022 (9 de mayo de 2022 a 28 de agosto de 2022) un promedio de 1.260 casos semanales cuentan con información derivada de la secuenciación (696 asociadas a muestreo aleatorio, 488 no asociadas a muestreo aleatorio y 77 en las que no consta esta información). En estas mismas semanas, el porcentaje promedio de muestras secuenciadas de las que se dispone de información en SiViEs, sobre el total de casos detectados en España, ha sido del 1,7%, oscilando entre 1,3 y 2,2%.
En la semana del 4 al 11 de septiembre de 2022, la variante Ómicron se detecta en las 54 estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR) que participan en el proyecto VATar-COVID-19. Se encontró un predominio de BA.3/BA.4/BA.5 a nivel nacional.