El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización sobre la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en España. De acuerdo con este último informe, la variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) es la variante dominante en España en el momento actual. Comprende cinco linajes (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 y BA.5) y los sublinajes derivados de estos.
Esta variante presenta un alto número de mutaciones, algunas de las cuales estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias que se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune.
Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1, BA.3, BA.4 y BA.5 se encuentra la deleción 60-70, que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
De acuerdo con los datos de secuenciación y PCR específica el linaje BA.2 es el predominante. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 15 de 2022 (11 a 17 de abril) el porcentaje se sitúa en 100%.
Destaca el linaje XE, recombinante de BA.1 y BA.2 que comparte el gen de la espícula con este último y que, de acuerdo con los últimos informes de Reino Unido, crece en las últimas semanas a un ritmo superior al de BA.2
Respecto a los diferentes linajes, los cribados aleatorios mediante PCR específica para el linaje BA.2 han detectado en la semana 16 de 2022 (18 a 24 de abril), porcentajes que oscilan en las diferentes comunidades autónomas entre el 70,5 y el 100%. Esta misma semana, para el resto de linajes de Ómicron, el rango entre las comunidades autónomas oscila entre 0,9 y 34,8%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus (incluida la variante Delta) se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,2% del total.
En el momento actual circulan también varios linajes recombinantes que combinan en su genoma fragmentos de otros linajes de las variantes Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India) y Ómicron o de diferentes linajes de Ómicron.
Entre ellos destaca el linaje XE, recombinante de BA.1 y BA.2 que comparte el gen de la espícula con este último y que, de acuerdo con los últimos informes de Reino Unido, crece en las últimas semanas a un ritmo superior al de BA.2.
Aunque en niveles muy bajos (inferiores al 2%) en las últimas semanas se han notificado algunas secuencias correspondientes al linaje recombinante XE y al linaje BA.5.