La variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) y sus linajes son actualmente los dominantes en España y en la mayoría de los países, de acuerdo con el último informe del Ministerio de Sanidad. Esta comprende cinco linajes (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 y BA.5) y los sublinajes derivados de estos.
La secuenciación genómica del virus se ha erigido como un aliado fundamental desde el inicio de la pandemia provocada por el SARS-CoV-2 a la hora de conocer la evolución del coronavirus. Ahora, en un escenario epidemiológico en el que la práctica totalidad de las medidas destinadas a su control han sido eliminadas, la secuenciación se posiciona como primordial con el objetivo de adelantar las estrategias de salud pública al surgimiento de nuevas variantes.
En estos momentos, aunque a nivel global, BA.5 y los linajes derivados de este sin cambios importantes siguen siendo dominantes en España y en el mundo, se han detectado numerosos linajes con mutaciones que podrían relacionarse con un mayor escape a la respuesta cuya prevalencia está creciendo. El hecho de que compartan una o varias mutaciones clave indica que, muy probablemente, son fruto de la presión selectiva ejercida por los niveles actuales de inmunidad en la población.
Además, se han identificado una serie de sublinajes que están ganando relevancia a nivel internacional como consecuencia de su mayor potencial de escape inmunitario, tal y como demuestra el aumento que se está reportando en algunas regiones. Hablamos de BA.2.75 (que se detecta de forma mayoritaria en la India) y BA.2.75.2, BA.4.6 y BF.7, con tendencia ascendente en varios países. Hasta el momento, esos linajes solo se han detectado de manera puntual en nuestro país.
Los últimos linajes aparecidos, BF.7 y BA.4.6 se detectan al 5,5% y 4,2% respectivamente
En este sentido, tal y como ha señalado el informe de Sanidad, en la semana 37 de 2022 (12 a 18 de septiembre) el porcentaje de Ómicron se sitúa en 100%. Los linajes predominantes son BA.5 y los derivados de BA.5 (84,7%). Los últimos linajes aparecidos, BF.7 y BA.4.6 se detectan al 5,5% y 4,2% respectivamente.
Entre ellos destacan algunos con pocas diferencias pero que se han detectado en niveles significativos como son BA.4.6 o BF.7. Y otros, detectados en porcentajes mucho menores, pero con muchas más diferencias en su perfil de mutaciones respecto a los linajes dominantes que, in vitro, demuestran una capacidad mayor de evasión de la respuesta inmune (desarrollada por infección previa, vacuna, infección de brecha o anticuerpos monoclonales). Entre estos destacan: BA.2.3.20, BA.2.75.2, CA.1, BR.2, BN.1, BM.1.1.1, BU.1, BQ.1.1, y XBB.
Asimismo, los cribados aleatorios mediante PCR específica para los linajes BA.4 y BA.5 han detectado en la semana 39 de 2022 (26 de septiembre a 2 de octubre) porcentajes que oscilan en las diferentes CCAA entre el 77,6% y el 100%. Esta misma semana, para el linaje BA.2, se encuentra entre el 0% y el 7,2%.
ANÁLISIS DE AGUAS RESIDUALES
Según el análisis de agua residuales, en la semana del 25 de septiembre al 1 de octubre de 2022, la variante Ómicron se detecta en las 54 estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR) que participan en el proyecto VATar-COVID-19.
Los resultados de las RT-PCR dúplex son compatibles con un predominio de BA.3/BA.4/BA.5 (la técnica empleada no permite diferenciar entre estos sublinajes de Ómicron) en todas las estaciones depuradores de aguas residuales (EDAR) analizadas a excepción de una.