Las nuevas variantes detectadas del SARS-CoV-2 plantean importantes desafíos en la lucha contra la pandemia. La evidencia científica sobre las variantes detectadas originariamente en Reino Unido, Sudáfrica, Brasil e India (consideradas de “preocupación global”) ha confirmado su mayor capacidad de transmisibilidad. Hecho que se traduce en un veloz incremento de los nuevos contagios que acaban por aumentar la presión asistencial de unos sistemas sanitarios al borde del colapso en muchos países.
Ante este escenario la Organización Mundial de la Salud (OMS) ha solicitado en varias ocasiones a todas las naciones el incremento de sus esfuerzos de secuenciación del virus. “Los países deben aumentar la secuenciación de los aislados virales y notificarlos”, recomendaba la OMS a mediados del pasado mes de febrero. En este sentido se han puesto en marcha diferentes iniciativas como el nuevo panel sobre el control de variantes presentado hace unos días por el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés); o la red de laboratorios que la OMS junto con los Centros Africanos para el Control de Enfermedades ha comenzado a desarrollar en África. Pero no es suficiente.
La revista Science recoge un caso que ejemplifica a la perfección los obstáculos globales a los que se enfrentan los científicos a la hora de rastrear las variantes y secuenciar el virus. El mes pasado un grupo de científicos de Lituania estudiaba un caso provocado por una nueva variante y que apareció más tarde de forma esporádica en zonas de Europa y Estados Unidos. Mediante el rastreo en la base internacional de genomas GISAID (de la que más tarde hablaremos) se encontró que la nueva variante procedía de un caso de una persona que había viajado a Francia en un vuelo procedente de Camerún.
“Los países deben aumentar la secuenciación de los aislados virales y notificarlos”
Los científicos identificaron seis casos más de esta variante en Europa en personas que habían llegado desde Camerún. El problema llegó cuando se comprobaron las secuencias que Camerún había compartido a través de GISAID: únicamente 48 y ninguna correspondía con la variante causante del brote en Lituania. Un callejón sin salida.
A través de un estudio desarrollado por el Centro de Biodiversidad Global de Gotemburgo se conoció la recopilación de secuencias del virus de un grupo de científicos que estudia grandes simios en la República Centroafricana. Estos habían identificado seis casos de la misma variante por lo que se determinó que se originó en Camerún. Esta mutación ha sido bautizada como B.1.620 y contiene una serie de mutaciones presentes en otras variantes que son más infecciosas. La conclusión de este caso es clara: Camerún y los países vecinos no tenían prácticamente constancia de la incipiente expansión de esta variante.
EL IMPORTANTE PAPEL DE GISAID
GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), es la mayor base de datos genéticos sobre el nuevo coronavirus y sus variantes a nivel global. El pasado 7 de mayo informaba del hito de más de 1,2 millones de secuencias del genoma del SARS-CoV-2 compartidas por 172 países y territorios a través de esta plataforma online.
El 82% de las muestras secuenciadas compartidas corresponde a las 10 naciones con mayores recursos. Algunos expertos apuntan a que la capacidad media de secuenciación debería situarse a nivel global en el 5%
“Debido a que los países envían datos procedentes de tantas partes del mundo, existe un sistema en el que podemos observar cómo se propaga el virus en todo el mundo y analizar si las medidas de control y las vacunas están funcionando”, expresa en la citada cabecera científica Sebastian Maurer-Stroh, asesor científico de GISAID.
A pesar de que el alcance de la plataforma ha mejorado el experto considera que su popularidad reside principalmente en su mecanismo de intercambio y la calidad de sus herramientas para la visualización y análisis de secuencias. Cierto es que la participación de los países es dispar con aquellos que cuentan con más recursos a la cabeza a la hora de compartir información.
De los 152 países de los que se disponía información el 10 de mayo, 100 habían compartido datos de secuenciación de menos del 1% de los casos notificados a GISAID. Entre ellos, 51 países incluyen grandes naciones como india, Rusia, Indonesia o Brasil que habían compartido menos del 0,1% de los casos notificados. El 82% de las muestras secuenciadas compartidas corresponde a las 10 naciones con mayores recursos. Algunos expertos apuntan a que la capacidad media de secuenciación debería situarse a nivel global en el 5%.
Nos enfrentamos a un grave problema. La mayoría de los países que tienen una reducida capacidad de secuenciación apenas cuentan con acceso a las vacunas. A medida que el virus continúe replicándose sin control, estas regiones podrían convertirse en el caldo de cultivo perfecto para originar nuevas variantes del virus que podrían ser más transmisibles, más letales e incluso evadir la respuesta inmune generada a través de las vacunas.
Una vez más, el dinero es el problema. De acuerdo a los datos publicados por Science los secuenciadores de última generación cuestan 335.000 dólares. Además, requieren personal cualificado y sistemas de diagnóstico eficaces que permitan la recolección de muestras. Los reactivos necesarios para las pruebas de secuenciación son otro de los problemas ya que la mayoría de los países con escasos recursos dependen de la exportación de estos costosos elementos.