Desde la detección de los primeros casos de Covid-19 en Wuhan (China) a finales de 2019 hasta el momento actual de la pandemia, marcado por la dominancia global de los distintos linajes de la variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica), el SARS-CoV-2 ha cambiado significativamente. Al igual que el resto virus este ha ido sufriendo distintas mutaciones que han ido originando las variantes que han marcado las distintas olas de la pandemia. Razón por la que la secuenciación genómica del virus se ha convertido en una de las herramientas más valiosas a la hora de determinar el escenario epidemiológico al que nos enfrentamos y las medidas de salud pública que se adoptan en consecuencia.
Ahora que gran parte del mundo ha recuperado prácticamente la normalidad perdida a principios de 2020, asistimos a un descenso generalizado del número de pruebas diagnósticas y muestras secuenciadas por lo que avanzamos, en cierto, modo a ciegas. Una situación sobre la que la Organización Mundial de la Salud (OMS) ha advertido.
“La secuenciación del genoma es una herramienta que los científicos utilizan para visualizar o descifrar el código genético de un microorganismo, ya sea ADN o ARN. Las herramientas de secuenciación de las que hablamos, básicamente presentan la secuencia de nucleótidos completa y se obtiene un código genético completo de ese organismo en particular”, alertaba recientemente Soumya Swamnathan, científica jefe de la OMS.
En este sentido el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) ha elaborado un documento orientado a los técnicos de laboratorio, expertos en microbiología y partes interesadas, a través del que enfatiza en la importancia de la secuenciación en la fase de la pandemia en la que nos encontramos.
“Sigue siendo importante monitorizar su circulación en todos los países a través de la vigilancia genómica”
Tal y como señalan los expertos del ECDC, en los primeros meses de 2022 han seguido surgiendo nuevas variantes del SARS-CoV-2, tanto de interés (VOI, por sus siglas en inglés) como de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés). “Sigue siendo importante monitorizar su circulación en todos los países a través de la vigilancia genómica”.
Todas las variantes del SARS-CoV-2 deben identificarse a través de la vigilancia genómica y caracterizarse empleando la caracterización antigénica de los virus. Este proceso es esencial para la evaluación de la eficacia de las distintas vacunas contra la Covid-19 que se están inoculando, la selección de las cepas apropiadas para el desarrollo de los sueros y su inmunogenicidad, así como para controlar el seguimiento de resistencia a los tratamientos antivirales basados en anticuerpos monoclonales.
El ECDC informa de que varios países de la Región Europea de la OMS tienen capacidad para el aislamiento y la caracterización antigénica del SARS-CoV-2, que cuentan con el apoyo de los laboratorios del ECDC y de la OMS
El ECDC expone que las muestras procedentes de los sistemas centinela de vigilancia, así como de las pruebas que, por ejemplo, se realizan a pacientes inmunocomprometidos, deben seleccionarse para realizar una caracterización antigénica adicional.
Un proceso sobre el que el ECDC establece que debe desarrollarse en laboratorios BSL3, aquellos concebidos para trabajar con microorganismos del grupo de riesgo 3. Las propiedades antigénicas de las variantes del coronavirus pueden caracterizase mediante el uso de técnicas como la neutralización por reducción de placas, la microneutralización y el ensayo de neutralización de pseudovirus. El método de cartografía antigénica se emplea para la visualización de las propiedades antigénicas.
El ECDC informa de que varios países de la Región Europea de la OMS tienen capacidad para el aislamiento y la caracterización antigénica del SARS-CoV-2, que cuentan con el apoyo de los laboratorios del ECDC y de la OMS.
“El intercambio rápido de muestras clínicas y/o aislamientos de virus y datos antigénicos es crucial cuando surge una nueva variante con posible deriva antigénica. Los datos antigénicos deben compartirse rápidamente con el ECDC, la Oficinal Regional de la OMS para Europa y las redes de vigilancia europeas”, concluyen los expertos del ECDC, recordando que los envíos de muestras a los laboratorios de referencia pueden respaldarse y agilizarse empleando el mecanismo de envío de la OMS.