La secuenciación genómica permitió al mundo identificar rápidamente el SARS-CoV-2 y desarrollar pruebas diagnósticas y otras herramientas que han posibilitado el control de los brotes. La secuenciación del genoma respalda el seguimiento de la propagación de la enfermedad y la evolución del virus, atendiendo a la distribución geográfica de las distintas variantes que han ido surgiendo en estos dos años. “Se requiere una integración acelerada de la secuenciación del genoma en las prácticas de la comunidad sanitaria mundial si queremos estar mejor preparados para las amenazas futuras”, ha advertido la OMS en numerosas ocasiones.
Nos encontramos ante una tarea fundamental marcada por el lastre de las desigualdades entre países. La secuenciación del virus implica personal cualificado y una serie de recursos con los que no cuentan las naciones más pobres. Estos países son víctimas además de la falta de equidad en el acceso global a las vacunas contra la Covid-19 lo que favorece la creación de un caldo de cultivo perfecto para que el virus continúe circulando y sufriendo mutaciones que pueden originar nuevas variantes. Y estas, no serán identificadas hasta que ya circulen en los países con más recursos y sea imposible frenar su avance. En este punto, merece una mención especial el trabajo de secuenciación que desde Sudáfrica se está realizando y que posibilitó la rápida identificación de la variante Ómicron (B.1.1.529), cuyos distintos linajes son los dominantes en diferentes grados a nivel global.
En este esfuerzo global por la secuenciación del SARS-CoV-2 juega un papel esencial GISAID, una iniciativa que promueve el intercambio global de datos no solo del coronavirus, sino también de los virus de la influenza. Hasta la fecha se han envidado a esta plataforma más de 11,2 millones de secuencias del genoma del virus responsable de la Covid-19.
En la fase actual de la pandemia en la que nos encontramos en la que las altas tasas de cobertura vacunal han permitido la práctica eliminación de las restricciones y medidas para frenar la expansión del virus, la secuenciación continúa siendo de vital importancia a la hora de rastrear no solo el SARS-CoV-2, sino también otras enfermedades.
“La secuenciación del genoma es una herramienta que los científicos utilizan para visualizar o descifrar el código genético de un microorganismo, ya sea ADN o ARN. Las herramientas de secuenciación de las que hablamos, básicamente presentan la secuencia de nucleótidos completa y se obtiene un código genético completo de ese organismo en particular”, explica en el espacio “Ciencia en 5” de la OMS, la doctora Soumya Swamnathan, científica jefe de la OMS.
“Hemos visto una disminución, una reducción en la cantidad de pruebas, vigilancia y secuenciación en las últimas semanas. Y, por lo tanto, cada vez tenemos una menor visibilidad de los que está haciendo el virus”
Sobre este procedimiento destaca que se trata de una “herramienta relativamente nueva” que permite rastrear, por ejemplo, los brotes producidos por enfermedades transmitidas por alimentos con el objetivo de identificar cuál es el contaminante y la procedencia de este. Explica que la secuenciación también puede utilizarse ante brotes de enfermedades como la meningitis o la encefalitis en niños ya que permite determinar de forma rápida el origen, organismos que lo ha provocado y realizar el rastreo hasta el origen del brote.
En este sentido la experta apunta al ébola. “Es un buen ejemplo de una enfermedad que es una zoonosis y, al hacer la secuenciación, podemos saber realmente de dónde surgió un caso particular de ébola. De hecho, también estamos utilizando la secuenciación con la viruela del mono para comprender más sobre la transmisión local. Por lo tanto, la secuenciación del genoma es una herramienta maravillosa ahora que se ha agregado al conjunto de herramientas de los expertos en salud púbica para la rápida adopción de medidas cuando se trata de brotes de enfermedades infecciosas”.
"Hoy, dos tercios de los países tienen su propia capacidad, pero todavía hay muchos puntos ciegos en el mapa mundial y, por lo tanto, debemos trabajar en el fortalecimiento de esas capacidades, tanto en términos de infraestructura como en la capacitación de las personas en análisis de datos y bioinformática"
Retomando la secuenciación del SARS-CoV-2 que se ha venido realizando a nivel global en los dos últimos años, la experta incide en la imperiosa necesidad de que esta labor continúe realizándose y mejorándose. “Hemos visto una disminución, una reducción en la cantidad de pruebas, vigilancia y secuenciación en las últimas semanas. Y, por lo tanto, cada vez tenemos una menor visibilidad de los que está haciendo el virus”, advierte.
“Hemos visto durante la pandemia cuán importante o crítica fue la información de la secuenciación. De hecho, la identificación temprana de variantes, la capacidad de correlacionar cada una de las variantes con sus características únicas para poder rastrear su propagación en todo el mundo, ayudó a los países a aumentar o disminuir sus acciones de salud pública en función de los datos que iban viendo”, recuerda.
Lamenta que ahora muchos países están reduciendo la cantidad de pruebas realizadas y las secuencias lo que plantea “el riesgo de andar a ciegas si no mantenemos las pruebas y la vigilancia, porque sabemos que este virus estará presente con nosotros durante algún tiempo”.
“Va a cambiar y evolucionar y realmente necesitamos poder hacer un seguimiento de lo que sucede, si nuestras vacunas continúan siendo efectivas. Afortunadamente, todavía siguen siendo bastante eficaces, pero necesitamos poder rastrearlo”, remacha.
La entrevista concluye analizando el avance en materia de secuenciación desde el inicio de la pandemia. “Al principio solo alrededor de un tercio de los países eran capaces de realizar secuenciación del genoma. Hemos visto una gran expansión. Hoy, dos tercios de los países tienen su propia capacidad, pero todavía hay muchos puntos ciegos en el mapa mundial y, por lo tanto, debemos trabajar en el fortalecimiento de esas capacidades, tanto en términos de infraestructura como en la capacitación de las personas en análisis de datos y bioinformática. Como mencioné anteriormente, no se trata solo de la Covid-19 sino de todas las enfermedades infecciosas”, concluye.