El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización de la situación epidemiológica de las variantes del SARS-CoV-2 en España. De acuerdo con la información recogida en este informe la variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) continúa siendo la variante dominante.
Los muestreos aleatorios mediante PCR específica han detectado en la semana 3 de 2022 (17 a 23 de enero de 2022), con datos de 13 comunidades autónomas porcentajes entre el 84,5 y el 99,3% de casos de Covid-19 provocados por Ómicron. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 2 de 2022 (10 a 16 de enero de 2022) el porcentaje se sitúa en 95,1%.
La variante Ómicron cuenta con una mayor capacidad de escape inmune que las variantes previas, es más transmisible y provoca una menor gravedad de la enfermedad. Comprende los linajes BA.1 (muy mayoritario), Ba.1.1, BA.2 y BA.3. Esta variante presenta más de treinta mutaciones en el gen de la espícula (15 de ellas en el dominio de unión al receptor) además de numerosas mutaciones en otras regiones del genoma. Muchas de estas mutaciones estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune.
Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2. Varios países han constatado un aumento reciente en la frecuencia del linaje BA.2. Aunque es pronto para establecer las características fenotípicas de este linaje, un estudio preliminar en Dinamarca no ha encontrado diferencias en el riesgo de hospitalización entre BA.1 y BA.2.
Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2
Los primeros estudios de efectividad vacunal en Reino Unido tampoco han encontrado diferencias entre ambos linajes. En España, hasta el 31 de enero, se han registrado tres casos confirmados de BA.2 en el Sistema de Vigilancia en España (SiViEs).
En el caso de la variante Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India), fue dominante en nuestro país hasta diciembre de 2021. Es más transmisible que su predecesora Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido) y reporta una ligera disminución de la efectividad de las vacunas.
De acuerdo con los muestreos aleatorios de casos compatibles estimado por PCR en la semana 3 de 2022 (17 a 23 de enero de 2022), con datos de 12 comunidades autónomas, el porcentaje se encontraba entre 0,7 y 4,8%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 2 de 2022 (10 a 16 de enero de 2022), el porcentaje se sitúa en 4,2%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,1% del total.