El Ministerio de Sanidad ha publicado una nueva actualización sobre la situación epidemiológica de España en relación a las variantes del SARS-CoV-2. La variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) continúa ampliando su dominancia en nuestro país gracias a su mayor capacidad de escape inmune en comparación con las variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés) previas, el incremento en su transmisibilidad y una menor gravedad de los casos.
El linaje BA.1 es el predominante en España, aunque BA.2 se detecta en un porcentaje creciente de los casos. Esta variante presenta un alto número de mutaciones, algunas de las cuales estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias que se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune.
BA.1 es el linaje mayoritario y, por lo tanto, las características descritas para la variante Ómicron se corresponden con las de este linaje. BA.1.1, deriva de BA.1 y presenta una mutación añadida en el gen de la espícula; BA.2 es el linaje de Ómicron que más diferencias presenta respecto a BA.1. Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1, BA.1.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
De acuerdo con los datos recogidos en el referido informe, los cribados aleatorios mediante PCR específica para los linajes BA.1, BA.1.1 o BA.3 han detectado en la semana 7 de 2022 (14 a 20 de febrero), con datos de 15 comunidades autónomas, porcentajes entre el 63,2 y el 99,8%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,1% del total
Los cribados aleatorios en 10 comunidades autónomas en la semana 7 de 2022 (14 a 20 de febrero) para el linaje BA.2, muestran unos porcentajes entre 0,8 y 35,6%. Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 6 de 2022 (7 a 13 de febrero) el porcentaje se sitúa en 98%.
Si ponemos el foco en los datos relativos a la variante Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India), fue desplazada por Ómicron en diciembre de 2021. Delta presenta una mayor transmisibilidad que su predecesora Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido) y una ligera disminución de la efectividad de la vacuna.
De acuerdo con los muestreos aleatorios de casos compatibles estimado por PCR: en la semana 7 de 2022 (14 a 20 de febrero), con datos de 13 comunidades autónomas, el porcentaje se encontraba entre cero y 3%. En 12 de las 13 comunidades autónomas el porcentaje es mayor del 1%.
Mediante secuenciación de muestras aleatorias, en la semana 6 de 2022 (7 a 13 de febrero), el porcentaje se sitúa en 1%.
De acuerdo con los datos de secuenciación asociados a muestreos aleatorios, el resto de variantes del virus se mantienen en niveles muy bajos de circulación. En las últimas cuatro semanas analizadas las otras variantes, en conjunto, alcanzan el 0,1% del total.