Las variantes detectadas del SARS-CoV-2 plantean nuevos desafíos en la lucha contra la pandemia. La evidencia científica sobre las variantes procedentes de Reino Unido (B.1.1.7), Sudáfrica (B.1.351), Brasil (P1) y más recientemente India (B.1.617), ha confirmado su mayor capacidad de transmisibilidad traduciéndose en un rápido incremento de los nuevos contagios que acaban por incrementar la presión asistencial de unos sistemas sanitarios al borde del colapso en muchos países.
Ante este escenario la Organización Mundial de la Salud (OMS) ha solicitado en varias ocasiones a los países el incremento de sus esfuerzos de secuenciación del virus. “Los países deben aumentar la secuenciación de los aislados virales y notificarlos”, recomendaba la OMS a mediados del pasado mes de febrero. En este escenario desempeña un papel fundamental GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), la mayor base de datos genéticos sobre el nuevo coronavirus y sus variantes a nivel global.
De acuerdo a los datos recogidos por Nature, más de 1,2 millones de secuencias del genoma del SARS-CoV-2 procedentes de 172 países y territorios se han compartido a través de esta plataforma online. Un fiel reflejo del arduo trabajo de la comunidad científica a nivel internacional durante toda la pandemia. Y es que la secuenciación genómica del virus es crucial no solo para poder estudiar sus orígenes, sino que se erige como clave a la hora de estudiar la epidemiología de los brotes y movimiento de las nuevas variantes en todo el planeta.
“Debido a que los países envían datos procedentes de tantas partes del mundo, existe un sistema en el que podemos observar cómo se propaga el virus en todo el mundo y analizar si las medidas de control y las vacunas están funcionando”, expresa en la citada cabecera científica Sebastian Maurer-Stroh, asesor científico de GISAID.
“Debido a que los países envían datos procedentes de tantas partes del mundo, existe un sistema en el que podemos observar cómo se propaga el virus en todo el mundo y analizar si las medidas de control y las vacunas están funcionando”
A pesar de que existen varias bases de datos centradas en la secuenciación genómica del SARS-CoV-2, GISAID se posiciona como la más popular. Fue creada en 2006 como un depósito de datos genómicos del virus causante de la gripe. En sus primeros pasos fueron muchos países reticentes a compartir su información genómica por temor a no obtener beneficios en términos de investigación por sus trabajos originales de secuenciación. Dos años después de su creación y gracias a las negociaciones entre gobiernos y científicos sobre acuerdos de intercambio de datos se lanzó la plataforma tal y como la conocemos hoy en día.
Maurer-Stroh recuerda en Nature los inicios de la Covid-19. Un momento en el que el equipo de GISAID inició acercamientos con investigadores y políticos de todo el mundo para analizar y solucionar las barreras que pudiesen impedir compartir datos genómicos sobre el nuevo coronavirus. Un gran ejemplo lo encontramos en la petición de ayuda de África Occidental que informó de que carecían de formación en bioinformática. Un problema que se solucionó gracias a un científico afiliado a GISAID en Senegal que comenzó a ofrecer talleres sobre secuenciación, análisis y cómo utilizar las herramientas de la plataforma.
A pesar de que el alcance de la plataforma ha mejorado el experto considera que su popularidad reside principalmente en su mecanismo de intercambio y la calidad de sus herramientas para la visualización y análisis de secuencias. Cierto es que la participación de los países es dispar con aquellos que cuentan con más recursos a la cabeza a la hora de compartir información. Tal es el caso de Estados Unidos que ha compartido 303.359 secuencias o Reino Unido con 379.510 secuencias.
Pero queda mucho trabajo por hacer. A día de hoy todavía existen países que no han compartido información como Tanzania, donde su difunto presidente negó la existencia de la pandemia durante meses. También existen países muy rezagados y que han sido duramente golpeados por el virus como El Salvador (seis secuencias cargadas en la plataforma) o Líbano (49 secuencias cargadas en la plataforma) entre otros.
Para buscar información, descargar secuencias o utilizar sus herramientas de análisis genómico los usuarios deben registrarse con su nombre y aceptar una serie de términos que incluyen la no publicación de estudios basados en los datos sin reconocer a los científicos responsables de cargar esas secuencias e incluso, contactar con ello para ofrecerles una colaboración. Un control que no ha gustado a parte de la comunidad científica que argumenta que no deberían existir este tipo de restricciones. Pero la verdad es que, sin este tipo de bases, la plataforma seguramente no habría logrado superar el millón de secuencias genómicas del SARS-CoV-2.