La vigilancia genómica del SARS-CoV-2 resulta esencial para detectar, monitorizar y evaluar las distintas variantes del nuevo coronavirus que van identificándose. Estas pueden aumentar no solo su transmisibilidad sino también la gravedad con la que se cursa la Covid-19 o el desarrollo de otros efectos adversos que influyen directamente en las medidas sociales y de salud públicas destinadas al control de la pandemia.
La obtención de información precisa sobre la aparición de las variantes de interés requiere de sistemas de vigilancia sólidos que deben sustentarse sobre la secuenciación genómica del virus tal y como ha advertido ya en varias ocasiones la Organización Mundial de la Salud (OMS) y ya hace desde el inicio de la pandemia la plataforma online GISAID, la mayor base global de datos sobre secuenciación genómica del virus.
Partiendo de este escenario el Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) ha elaborado un documento en el que se recogen una serie de orientaciones prácticas destinadas a los Estados miembros de la Unión Europea y los países pertenecientes al Espacio Económico Europeo sobre la implementación de la vigilancia genómica del SARS-CoV-2.
En este sentido los expertos del ECDC recomiendan que la vigilancia genómica del virus se realice mediante dos métodos:
Muestreo representativo de casos positivos por RT-PCR de los sistemas de vigilancia existentes basados en la población general
El objetivo del muestreo representativo y la secuenciación del SARS-CoV-2 de los casos identificados durante la vigilancia de rutina es detectar y monitorear nuevas variantes de interés.
- Para la detección de variantes nuevas o emergentes, el ECDC recomienda un umbral de detección mínimo que es una proporción relativa del 2,5%, pero idealmente del 1%, de una variante particular entre todas las variantes dentro de una unidad de tiempo.
- Para el seguimiento, el ECDC recomienda secuenciar un número adecuado de muestras para detectar una diferencia en la proporción relativa de una determinada variante de una unidad de tiempo a la siguiente (por ejemplo, aumentar del 1% al 3%, o del 2,5% al 5%).
Los tamaños de muestra respectivos y las opciones para la selección de muestras se proporcionan en la guía.
La vigilancia genómica del SARS-CoV-2 resulta esencial para detectar, monitorizar y evaluar las distintas variantes del nuevo coronavirus que van identificándose
Muestreo dirigido y secuenciación de casos de entornos o poblaciones especiales
Se recomiendan los siguientes marcos de muestreo para los entornos o poblaciones especiales:
- Infecciones y reinfecciones innovadoras de la vacuna: muestreo completo para detectar y caracterizar las variantes que causan la infección en presencia de anticuerpos del SARS-CoV-2.
- Brotes y conglomerados: una muestra representativa, con un mínimo de cinco especímenes por evento para investigar la dinámica de transmisión del virus; detectar nuevas variantes genéticas; evaluar la relación de las cepas virales dentro de los grupos epidemiológicos y apoyar el rastreo de contactos y otras intervenciones de salud pública;
- Casos confirmados con antecedentes de viajes en áreas donde las variantes de interés son endémicas: para detectar posibles introducciones de variantes y ralentizar su propagación, el ECDC recomienda un muestreo secuencial completo de todos los casos positivos de SARS-CoV-2 con antecedentes de viajes en áreas / países donde hay nuevas variantes de interés o están circulando.
- Eventos inusuales: una muestra representativa, con un mínimo de cinco especímenes de eventos de superpropagación o entornos con transmisión inusualmente alta; para los casos con presentaciones clínicas inusuales. El ECDC recomienda un muestreo completo para respaldar las investigaciones de la dinámica de transmisión del virus y la detección de nuevas variantes genéticas.
Los expertos indican en relación a este documento que es posible que sea necesario actualizarlo cuando cambie la situación epidemiológica, por ejemplo, después de una amplia aplicación de la vacunación en la población, lo que se traduce en una reducción significativa del número de casos.