A lo largo de los últimos meses la lucha contra el SARS-CoV-2 se ha complicado debido a la aparición de distintas variantes del virus. Algunas de estas carecen de relevancia, pero un pequeño grupo ha obligado a adoptar nuevos enfoques. Lo primero que debemos tener claro es que los virus mutan y una mayor circulación permite que estas mutaciones sobrevivan sobre la cepa original, imponiéndose como dominantes. Hecho que resulta crucial puesto que algunas de estas variantes suponen una mayor transmisibilidad del virus e incluso pueden hacer frente a la inmunidad generada ya sea mediada a través de infección natural o mediante la inoculación de las vacunas que actualmente se están administrando en gran parte de los países.
Ante esta fotografía el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés), ha lanzado un nuevo panel a través del que se proporciona una descripción general de la proporción de variantes de interés o variantes de preocupación del SARS-CoV-2 identificadas a través de la secuenciación genómica de los países pertenecientes a la Unión Europea (UE) y el Espacio Económico Europeo (EEE), así como los volúmenes de secuenciación por naciones. Un nuevo sistema que agrega valor al informe general publicado semanalmente en este sentido por el ECDC.
Los datos del nuevo panel proceden del Sistema Europeo de Vigilancia (TESSy, por sus siglas en inglés) que proceden de los datos enviados al organismo cada semana por los países; y se completan con los informes EpiCoV procedentes de la Plataforma de Análisis de Firmas Genómicas (GISAID). El ECDC traduce todos estos datos a un mapa que es actualizado cada jueves por la tarde y puede ser consultado de forma pública para conocer el avance de las principales variantes de interés en el viejo continente.
El ECDC traduce todos estos datos a un mapa que es actualizado cada jueves por la tarde y puede ser consultado de forma pública para conocer el avance de las principales variantes de interés en el viejo continente
Cuando los datos de un país se encuentren disponibles en más de una de las fuentes referidas los expertos del ECDC se decantarán por utilizar aquella que cuenta con un mayor número de secuenciaciones en las dos últimas semanas. Todos los datos recogidos se basan en la nueva guía técnica publicada por el ECDC recientemente destinada a la orientación de los mecanismos más óptimos para la secuenciación genómica del virus. De esta forma, encontramos las siguientes categorías:
≥500 o ≥10% de los casos
500 o más, o al menos el 10% de todas las muestras secuenciadas, por semana. Si las muestras se seleccionan al azar, es posible seguir las tendencias y estimar la distribución de variantes. La obtención de cifras más elevadas aumentaría la precisión y permitiría la detección de variantes que representan una proporción menor de virus circulantes.
60-499 casos
Por encima de 60 pero por debajo de 500 muestras secuenciadas por semana. Si las muestras se seleccionan al azar, es posible detectar una variante que represente más del 2,5% de todas las variantes circulantes y seguir las tendencias, pero la estimación de la distribución de las variantes sería inexacta.
Menos de 60 muestras seleccionadas por semana
Una variante específica tendría que representar al menos el 5% de todos los virus circulantes para ser detectados, si el muestreo se realiza de manera aleatoria y representativa. Esto significa que el sistema tendrá una capacidad deficiente para detectar variantes circulantes de interés antes de que tengan un impacto en la situación epidemiológica general.
Los expertos del ECDC señalan que existen limitaciones ya que no se informan todas las secuencias generadas. Hecho que puede conducir en ocasiones a la subestimación de las actividades de secuenciación de algunos países. “La proporción de variantes solo es confiable cuando la capacidad de secuenciación es adecuada (≥500 o ≥10% del total de muestras). Incluso entonces, las estimaciones deben tratarse con cautela, ya que pueden estar sesgadas si los virus secuenciados no son representativos de todos los casos en el país. Para los datos de TESSy, no se ha estimado ninguna proporción de variantes donde no hay un denominador confiable disponible”, informan.
Desde el inicio de la pandemia, tres son las variantes que han sido clasificadas como preocupantes: la variante B.1.1.7 (identificada por primera vez en Reino Unido); la variante B.1.351 (identificada por primera vez en Sudáfrica) y la variante P.1 (identificada por primera vez en Brasil). Todas se han asociado con una mayor transmisibilidad y gravedad de la enfermedad. Además, los linajes del SARS-CoV-2 B.1.617.1; B.1.617.2 y B.1.617.3, detectados originalmente en India en diciembre de 2020, están siendo detectados en cada vez un mayor número de países.