La variante Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica) se ha convertido en tiempo récord en la dominante tanto a nivel global como en España. De acuerdo con la última actualización del informe sobre la situación de las distintas variantes del SARS-CoV-2, hecha pública por el Ministerio de Sanidad, la presencia de Ómicron en las muestras secuenciadas se sitúa entre el 79,6 y el 98,7% en la semana dos de enero (del 10 al 16).
Esta variante comprende los linajes BA.1 (muy mayoritario), BA.2 y BA.3. Presenta más de 30 mutaciones en el gen de la espícula (15 de ellas en el dominio de unión al receptor) además de numerosas mutaciones en otras regiones del genoma. Muchas de estas mutaciones estaban presentes en variantes ya detectadas previamente y varias se han relacionado con un aumento de la transmisibilidad o con un cierto grado de escape a la respuesta inmune. Entre las mutaciones descritas para los linajes BA.1 y BA.3 se encuentra la deleción 60-70 (presente también en Alfa), que produce el fallo de la amplificación del gen S con algunas técnicas de PCR. Esta mutación no está presente en el linaje BA.2.
En los últimos días se ha puesto el foco en el aumento de casos provocado por el sublinaje BA.2. Se han detectado casos en más de una treintena de países gracias a los esfuerzos de secuenciación genómica del virus.
CARACTERÍSTICAS GENERALES DE LOS CORONAVIRUS
Desde la detección de los primeros casos de Covid-19 en Wuhan (China) en diciembre de 2019, la aparición de variantes del SARS-CoV-2 ha sido una constante con distintas implicaciones para la salud pública y el control de la pandemia. En estos más de dos años se han utilizado en muchas ocasiones conceptos como “mutaciones”, “cepa”, “variante” o “linaje” que ya han pasado a formar parte de nuestro vocabulario habitual, pero no siempre se emplean de la forma correcta. Algo imprescindible para comprender la forma en la que el coronavirus evoluciona y origina las distintas variantes a las que tenemos que hacer frente. Antes de profundizar en sus diferencias, es esencial conocer las principales características del SARS-CoV-2.
Una mutación se refiere a un cambio único en el genoma del virus (código genético). Las mutaciones ocurren con frecuencia, pero solo a veces modifican las características del virus
Los coronavirus son miembros de la subfamilia Orthocoronavirinae dentro de la familia Coronaviridae (orden Nidovirales). Esta subfamilia comprende cuatro géneros: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus y Deltacoronavirus de acuerdo a su estructura genética. Los alfacoronavirus y betacoronavirus infectan solo a mamíferos y normalmente son responsables de infecciones respiratorias en humanos y gastroenteritis en animales, de acuerdo con la información recogida por el Ministerio de Sanidad en el documento “Información microbiológica acerca del SARS-CoV-2”.
Hasta la aparición del SARS-CoV-2, se habían descrito seis coronavirus en seres humanos (HCoV-NL63, HCoV-229E, HCoV-OC43 y HKU1) que son responsables de un número importante de las infecciones leves del tracto respiratorio superior en personas adultas inmunocompetentes, pero que pueden causar cuadros más graves en niños y ancianos con estacionalidad típicamente invernal.
El SARS-CoV y MERS-CoV, ambos patógenos emergentes a partir de un reservorio animal, son responsables de infecciones respiratorias graves de corte epidémico con gran repercusión internacional debido a su morbilidad y mortalidad. El SARS-CoV-2 supone el séptimo coronavirus aislado y caracterizado capaz de provocar infecciones en humanos.
Un linaje es un grupo de virus estrechamente relacionados con un ancestro en común. El SARS-CoV-2 tiene muchos linajes y todos causan la Covid-19
Estructuralmente los coronavirus son virus esféricos de 100-160 nm de diámetro, con envuelta y que contienen ARN monocatenario (ssRNA) de polaridad positiva de entre 26 y 32 kilobases de longitud. El genoma del virus SARS-CoV-2 codifica cuatro proteínas estructurales: la proteína S (spike protein), la proteína E (envelope), la proteína M (membrane) y la proteína N (nucleocapsid).
La proteína N está en el interior del virión asociada al RNA viral, y las otras cuatro proteínas están asociadas a la envuelta viral. La proteína S se ensambla en homotrímeros, y forma estructuras que sobresalen de la envuelta del virus. La proteína S contienen el dominio de unión al receptor celular y por lo tanto es la proteína determinante del tropismo del virus y además es la proteína que tiene la actividad de fusión de la membrana viral con la celular y de esta manera permite liberar el genoma viral en el interior de la célula que va a infectar.
MUTACIÓN, LINAJE Y VARIANTE
Desgranada la información relativa a los coronavirus publicada por Sanidad y más concretamente sobre el SARS-CoV-2, debemos tener en cuenta que los virus evolucionan constantemente a medida que se producen cambios en su código genético (mutaciones genéticas). Estas se originan por la replicación del propio virus a medida que infecta a un mayor número de personas. Precisamente por este motivo se incide tanto en controla la propagación del virus para reducir el riesgo de surgimiento de nuevas variantes.
Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de Estados Unidos (CDC, por sus siglas en inglés), recogen las siguientes definiciones:
- Mutación
Una mutación se refiere a un cambio único en el genoma del virus (código genético). Las mutaciones ocurren con frecuencia, pero solo a veces modifican las características del virus.
- Linaje
Un linaje es un grupo de virus estrechamente relacionados con un ancestro en común. El SARS-CoV-2 tiene muchos linajes y todos causan la Covid-19.
Una variante es un genoma viral (código genético) que puede incluir una o más mutaciones
- Variante
Una variante es un genoma viral (código genético) que puede incluir una o más mutaciones. En algunos casos, un grupo de variantes con cambios genéticos similares, como un linaje o grupo de linajes, puede ser designado de la siguiente forma:
Variante de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés)
Dentro de este grupo se engloban aquellas variantes que tienen un mayor impacto para la salud pública debido a su mayor transmisibilidad, provocan una enfermedad má grave o pueden escapar (total o parcialmente) al efecto protector de los anticuerpos generados tras la infección natural o vacunación.
La Organización Mundial de la Salud (OMS) incluye hasta el momento cinco variantes en este grupo: Alfa (B.1.1.7, detectada originalmente en Reino Unido); Beta (B.1.351, detectada originalmente en Sudáfrica); Gamma (P.1, detectada originalmente en Brasil), Delta (B.1.617.2, detectada originalmente en India) y Ómicron (B.1.1.529, detectada originalmente en Sudáfrica).
Variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés)
Son aquellas variantes que presentan cambios en el genoma que, según se ha demostrado o se prevé, afectan a las características del virus como una mayor transmisibilidad, gravedad de la enfermedad que provocan o escape inmunitario.
La OMS incluye actualmente dos variantes dentro de este grupo: Lambda (C.37, detectad originalmente en Perú) y Mu (B.1.621, detectada originalmente en Colombia).
Variantes bajo vigilancia
La OMS mantiene bajo vigilancia las siguientes variantes: AZ.5 (detectada en varios países); C.1.2 (detectada originalmente en Sudáfrica); B.1.617.1 (detectada originalmente en India); B.1.526 (detectada originalmente en Estados Unidos); B.1.525 (detectada en varios países); B.1.630 (detectada originalmente en República Democrática del Congo) y B.1640 (detectada originalmente en República Democrática del Congo).