La secuenciación genómica del SARS-CoV-2 es vital a la hora de identificar las nuevas variantes que surgen y como estas se expanden. La biología del SARS-CoV-2, al igual que el resto de los virus, lleva implícita cambios constantes en su genoma a través de mutaciones, por lo que la aparición de variantes es un hecho esperado y no es en sí mismo un motivo de preocupación, tal y como recoge el Ministerio de Sanidad en su documento “Integración de la secuenciación genómica en la vigilancia del SARS-CoV-2”.
La evolución del virus en términos adaptativos y su diversificación han sido estudiados a nivel global desde el inicio de la pandemia. Hasta la fecha, gran parte de las mutaciones observadas no proporcionan una ventaja selectiva al virus, ni tampoco cambios fenotípicos que impliquen alteraciones en el comportamiento o patrón de infección. Sin embargo, algunas mutaciones o combinaciones de mutaciones pueden proporcionar al virus una ventaja selectiva como, por ejemplo, una mayor transmisibilidad a través de un aumento en la unión del receptor.
En este escenario existe una gran preocupación ante la posibilidad de que aparezcan variantes asociadas con un incremento de la gravedad de la enfermedad que provoca el virus o su letalidad; o que cuenten con capacidad para evadir la respuesta inmunitariagenerada tanto por las vacunas como por la infección natural. Ante esta fotografía el Centro Europeo para el Control y la Prevención de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) destaca la necesidad de la detección precoz de la circulación de las variantes mediante la secuenciación genómica.
La integración de los resultados derivados de esta secuenciación genómica es crucial para las labores de vigilancia y monitorización de la expansión de las variantes de cara a la adopción de restricciones y medidas destinadas a su contención.
Se solicitó a los Estados miembros secuenciar al menos el 5%, y preferiblemente el 10%, de los resultados positivos de las pruebas de COVID-19, minimizar los retrasos en los resultados y garantizar que estos datos se compartieran, para poder realizar comparaciones
El 19 de enero la Comisión Europea (CE) publicaba un comunicado instando a los países a aumentar la tasa de secuenciación, al considerar que los esfuerzos que se venían realizando no eran suficientes para un control eficiente de la propagación de las variantes. De este modo se solicitó a los Estados miembros secuenciar al menos el 5%, y preferiblemente el 10%, de los resultados positivos de las pruebas de COVID-19, minimizar los retrasos en los resultados y garantizar que estos datos se compartieran, para poder realizar comparaciones.
INTEGRACIÓN DE LA SECUENCIACIÓN EN EL SISTEMA DE VIGILANCIA
El referido documento de Sanidad al inicio de estas líneas contempla una serie de objetivos que debe perseguir la integración de la secuenciación en la vigilancia:
- Determinación de la incidencia de las variantes de interés para la salud pública en el conjunto de la población.
- Identificación precoz de nuevas variantes de SARS-CoV-2 de interés para la salud pública que presenten:
· Aumento de la transmisibilidad.
· Aumento de la virulencia.
· Disminución de la efectividad de las medidas de control, los tratamientos, los métodos diagnósticos o la inmunidad adquirida mediante infección previa o mediante vacunación.
- Apoyar la caracterización genómico-virológica y epidemiológica de las variantes.
Para una correcta integración de la secuenciación genómica dentro del sistema de vigilancia epidemiológico se debe tener en cuenta:
- La información generada debe tener como objetivo la toma de decisiones de salud pública.
- Se ha establecido una Red de laboratorios de referencia para desarrollar y operativizar los objetivos planteados:
a) Los laboratorios de referencia que participan en esta vigilancia deberán estar coordinados por las autoridades sanitarias de salud pública de cada CC.AA., quienes han designado los laboratorios que forman parte de esta Red.
b) La Red será coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con las CC.AA. y el ISCIII. El Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII coordinará los aspectos virológicos para lo que se cuenta con un Comité Técnico Coordinador. Este Comité revisará de forma periódica qué información obtenida mediante secuenciación genómica se considera relevante para ser notificada a través del sistema de vigilancia y asistirá al resto de miembros de la Red en la definición de las técnicas, protocolos y procedimientos que se van a utilizar para garantizar que los resultados sean comparables a nivel nacional.
c) El Centro Nacional de Microbiología del ISCIII prestará apoyo para realizar la secuenciación y análisis bioinformático a aquellas CC.AA. que no dispongan de suficiente capacidad.
Se realizará un muestreo aleatorio y representativo de las muestras analizadas correspondiendo el 80% de ellas a muestras procedentes de Atención Primaria y el 20% a muestras procedentes de Atención Hospitalaria
d) Para cumplir con los objetivos de vigilancia genómica a nivel nacional e informar según establece la OMS y ECDC, al menos una parte representativa de las secuencias que se ajusten a criterios de calidad internacional se compartirán con el Centro Nacional de Microbiología según se establezca. El Centro Nacional de Microbiología será el responsable de la comunicación de los resultados de secuenciación a los organismos de vigilancia internacionales (OMS, ECDC).
- La Red dará respuesta a las necesidades que desde Salud Pública se establezcan. En este sentido, en el momento actual las prioridades son la identificación y seguimiento de las variantes que circulan en nuestro país y además realizar el estudio de los casos y situaciones en las que se considera que una nueva variante de interés para la salud pública pudiera estar implicada. Se debe garantizar una agilidad suficiente entre la obtención de muestras y su secuenciación, siempre teniendo en cuenta las capacidades disponibles.
- La capacidad de análisis bioinformático de las secuencias puede limitar la obtención de resultados, por lo que en determinadas situaciones puede diseñarse una estrategia de análisis abreviado, dirigido al análisis de determinadas dianas de especial relevancia (espícula, etc.).
- La base de datos SiViEs se adaptará para que se puedan introducir los resultados obtenidos de la secuenciación en cada uno de los casos en los que se realice. Las CC.AA. adaptarán sus sistemas para poder introducir esta información.
- Cualquier laboratorio que realice la secuenciación o derive muestras a otro centro para su secuenciación tiene la obligación de enviar los resultados de este análisis a salud pública de la comunidad autónoma correspondiente, para garantizar la integración de la secuenciación con la información epidemiológica.
- Además de los resultados de la secuenciación, la información derivada de la realización de pruebas de PCR específicas para determinadas variantes puede ser de gran utilidad para la toma de decisiones en salud pública, especialmente al inicio de la circulación de una nueva variante.
SELECCIÓN DE MUESTRAS PARA SECUENCIACIÓN
Se realizará un muestreo aleatorio y representativo de las muestras analizadas correspondiendo el 80% de ellas a muestras procedentes de Atención Primaria y el 20% a muestras procedentes de Atención Hospitalaria.
Se deberá tener en cuenta también que las muestras no procedan de un mismo origen (por ejemplo, muestras pertenecientes a un mismo brote) y que sean seleccionadas independientemente de los posibles resultados en PCRs específicas capaces de detectar determinadas mutaciones. También las muestras de viajeros deberían excluirse expresamente de este muestreo aleatorio.
Los criterios para la selección de muestras en este tipo de muestreo serán establecidos por los responsables de Salud Pública de cada comunidad autónoma. El número mínimo de muestras secuenciadas dependerá de la incidencia de cada territorio. Como norma general, el objetivo es alcanzar al menos entre un 5 y un 10% de los casos diagnosticados.