ImmunityBio ha anunciado que está colaborando con Microsoft para aprovechar la plataforma Azure de la compañía para realizar un análisis computacional altamente detallado de la estructura de la proteína espiga del SARS-CoV-2, el nuevo coronavirus responsable de la pandemia global. La proteína espiga sirve como la "puerta" para que el virus ingrese a las células humanas, por lo que es un objetivo de alta prioridad para una vacuna o terapias de anticuerpos para combatir el virus.
Los equipos de ImmunityBio y Microsoft han aplicado una técnica llamada dinámica molecular al modelo. La dinámica molecular analiza los movimientos físicos de los componentes del virus a nivel atómico durante un período prolongado de tiempo y ejecuta una serie de simulaciones computacionalmente intensivas que dan como resultado un modelo detallado de la estructura de solución más probable de la proteína espiga.
Tener un modelo detallado del complejo de proteína de pico es crucial para los investigadores que buscan desarrollar vacunas o terapias efectivas. La proteína es la clave del mecanismo que utiliza el virus para invadir las células del cuerpo y causar una infección. La proteína espiga, llamada así porque sobresale de la superficie de la partícula viral, se une al receptor ACE2 en la superficie de una célula epitelial en el tracto respiratorio humano. Una vez que lo ha hecho, el material genético del virus puede ingresar a la célula y controlar su función para que la célula produzca copias del virus en grandes cantidades.
"El proceso preclínico de encontrar y seleccionar un objetivo para una terapia tradicional puede llevar años, lo que no tenemos en nuestra lucha contra el coronavirus"
Tanto ImmunityBio como Microsoft donaron su poder de computación masivo en red y los algoritmos avanzados necesarios para derivar el modelo en días, en lugar de los meses que normalmente requeriría usar enfoques técnicos más antiguos.
Con este modelo en mano, los investigadores que trabajan en vacunas y tratamientos tienen un objetivo terapéutico claro que simplificará su trabajo para encontrar formas de tratar la pandemia.
"El proceso preclínico de encontrar y seleccionar un objetivo para una terapia tradicional puede llevar años, lo que no tenemos en nuestra lucha contra el coronavirus", ha indicado Patrick Soon-Shiong, presidente y CEO de ImmunityBio.
"Microsoft se compromete a aportar nuestra tecnología y experiencia para resolver el complejo problema informático de modelar esta proteína", ha explicado, por su parte, Peter Lee, vicepresidente corporativo de investigación e inteligencia artificial de Microsoft. "Con ImmunityBio estamos trabajando para acelerar el esfuerzo de encontrar un tratamiento para este virus mortal que ha afectado a todas partes del mundo", ha ñadido Lee.
Microsoft, en colaboración con los ingenieros y científicos de ImmunityBio, implementó rápidamente un clúster de computación de alto rendimiento en los servicios en la nube de Microsoft Azure. El clúster contiene más de 1.250 unidades de procesamiento de gráficos (GPU) de alto rendimiento NVIDIA V100 Tensor Core específicamente diseñadas para el aprendizaje automático y otras aplicaciones computacionalmente intensivas.
Del mismo modo, ImmunityBio ha desplegado su clúster de 320 GPU, que siempre se ha optimizado y dedicado al modelado molecular de proteínas, anticuerpos, antivirales y fármacos dirigidos a moléculas pequeñas.
"Nuestros esfuerzos conjuntos entre Microsoft e ImmunityBio reúnen una increíble cantidad de poder de cómputo para ayudar a crear modelos para investigadores que trabajan en vacunas y terapias", ha comentado James Weinstein, vicepresidente senior de Microsoft Healthcare. "Nos complace apoyar a ImmunityBio y NantWorks para encontrar conjuntamente un camino para poner fin a esta pandemia", ha subrayado.