El Servicio de Microbiología del Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa introdujo a finales de 2021, por primera vez en la Comunidad Autónoma de Aragón, la secuenciación completa del genoma bacteriano(WGS). Desde entonces, en este laboratorio se han secuenciado más de 90 cepas como método de control epidemiológico de las resistencias bacterianas.
“Puede parecer un número que no es muy grande, pero realmente para nuestro entorno es un número bastante elevado ya que son bacterias seleccionadas de pacientes muy concretos con unos perfiles de resistencia que no son frecuentes y que desde Vigilancia Epidemiológica se recomienda una vigilancia exhaustiva”, explica Jessica Bueno, facultativa del Servicio de Microbiología del Hospital Clínico.
En concreto, el objetivo primero de esta técnica puntera es detectar genes relacionados con mecanismos de resistencia a los antibióticos, como beta-lactámicos, por la producción de carbapenemasas, y beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) o resistencia a vancomicina, que limitan considerablemente las opciones terapéuticas de las infecciones producidas por bacterias portadoras.
Se trata de "vigilar las bacterias que tienen unos genes que producen una resistencia a los antibióticos que se utilizan para tratar las infecciones"
Se trata de “vigilar las bacterias que tienen unos genes que producen una resistencia a los antibióticos que se utilizan para tratar las infecciones, de forma que podamos estudiar esos genes y controlar mejor las infecciones”, señala Bueno. Así “en función de los genes que tenga podremos seleccionar el tratamiento antibiótico más adecuado”, añade la especialista.
Esta técnica se considera el mayor nivel de sofisticación para los laboratorios hospitalarios. Es un proceso laborioso que se desarrolla a lo largo de 3-5 días en condiciones de seguridad biológica y cuya puesta en marcha ha requerido formación, entrenamiento, personal cualificado y equipamiento tecnológico.
Se trata de una técnica puntera que tiene aplicaciones en diversos campos de la Medicina, como la Genética o la Microbiología. En este último campo puede ser aplicada al diagnóstico de las enfermedades infecciosas ya que permite identificar a un agente infeccioso, detectar cambios en su genoma y realizar comparaciones de su secuencia de ácido nucleico con otros agentes.
HERRAMIENTA FUNDAMENTAL EN LA PANDEMIA
La aplicación de la secuenciación a la vigilancia de las resistencias bacterianas a los antibióticos ha sido la última incorporada a la actividad del Laboratorio de Microbiología, pero no la primera. Esta herramienta de gran valor tanto clínico como epidemiológico tuvo una notable importancia en el control de la pandemia SARS-CoV-2. De hecho, la irrupción del coronavirus aceleró notablemente la implantación de las técnicas de secuenciación en los laboratorios clínicos.
En enero de 2021 la Comisión Europea publicó un comunicado instando a los países miembros a incrementar la tasa de secuenciación para mejorar la identificación y progresión de las variantes COVID o detectar nuevas. Pocos días después, el Ministerio de Sanidad estableció una Red formada por centros autorizados para realizar la técnica de secuenciación en todas las comunidades, coordinada por el Centro Nacional de Microbiología (CNM) del Instituto de Salud Carlos III (ISCiii), con el objeto de obtener información compartida con centros españoles.
La técnica de secuenciación masiva fue introducida en la cartera de servicios del Servicio de Microbiología del Hospital Clínico en abril de 2021. Desde entonces se han secuenciado casi 1300 genomas de SARS-CoV-2 que han permitido detectar las VOC y conocer las variantes que circulan actualmente en nuestro medio: Ómicron BQ.1,1, BQ.1 y XBB-2.
La secuenciación aplicada a SARS-CoV-2 ha posibilitado hacer un seguimiento epidemiológico de las variantes que han circulado y circulan
La secuenciación aplicada a SARS-CoV-2 ha posibilitado hacer un seguimiento epidemiológico de las variantes que han circulado y circulan, especialmente de los brotes, de los casos graves de mala evolución, de las reinfecciones y de los fracasos vacunales. La secuenciación aleatoria ha permitido detectar las variantes que han ido apareciendo como consecuencia de las constantes mutaciones en su genoma.
Igualmente se han podido identificar las variantes de preocupación (VOC) en salud pública, por incorporar mutaciones que pueden afectar a las propiedades biológicas de los virus como virulencia, transmisibilidad, escape a la inmunidad tras infección o tras vacunación, al descenso en la sensibilidad de las técnicas diagnósticas como la PCR o la detección de antígeno o a la eficacia de los posibles tratamientos con antivirales.
Esta disponibilidad de la secuenciación en el Servicio ha posibilitado que el Servicio de Microbiología del Hospital Clínico esté participando en el proyecto europeo RELECOV 2.0, liderado por el ISCiii, que va dirigido a proporcionar fondos para la consolidación de la secuenciación y actividades de PCR de SARS-CoV-2.
Además, el objetivo de este Servicio es seguir ampliando la secuenciación a otros ámbitos como el estudio de la microbiota y su posible relación con determinadas enfermedades y el diagnóstico y la vigilancia epidemiológica de otros agentes infecciosos.